Dark Ruff Puff on pilvimäinen vihollinen, joka esiintyy vain Super Paper Mariossa ja siinäkin vain Flopside Pit of 100 Trialsissa. Se on kuten Ruff Puff, mutta se on voimakkaampi. Sen HP on 30 ja hyökkäysvoima 6. Se hyökkää ampumalla mustia sähköisiä palleroita hahmoa kohti.